Много слышал что если есть необходимость в запуске сторонних программ с неизвестным программным кодом, то лучше всего это делать внутри виртуальной машины (Virtual box, например) и уже потом анализировать его действия (изменение реестра, заражение системы и т.д.) Так ли это и на сколько это может оградить основную систему от заражения?
Ну, вообще, это правильное решение, если вы разбираетесь в реестре, что куда ставиться, и что заменяться, то это вам поможет определить, нет ли вирусных файлов или заражений, да и вообще, как повлияет на роботу данная установка.
Это все слишком сложно и едва ли однозначно дать ответ на подобный вопрос. Все это нужно на собственном опыте испытывать.
Без определенных знаний в этой области толку мало будет, но если немного почитать информации и разобраться, то Virtual box неплохое решение.